Os Grupos de Trabalho são temáticos e eles são os responsáveis pela elaboração, estudos e discussões dos projetos que são analisados e discutidos pelo Foro Metropolitano da Foz do Rio Itajaí Açu. Os Grupos de Trabalho são criados e extintos por ato do presidente do Foro.
Os Grupos de Trabalho são coordenados por um coordenador que é especialista na área que o Grupo se propõe a atuar. Compete ao 1 Vice Presidente do Foro a Coordenação Geral dos Grupos de Trabalho.